微型水泵的簡單工作原理如下：
電機的圓周運動，通過機械裝置使水泵內部的隔膜做往復式運動，從而壓縮、拉伸泵腔（固定容積）內的空氣，在單向閥作用下，在排水口處形成正壓（實際輸出壓力大小跟泵排水口受到的助力和泵的特性有關）；在抽水口處形成真空，從而與外界大氣壓間產生壓力差。在壓力差的作用下，將水壓入進水口，再從排水口排出。在電機傳遞的動能作用下，水持續不斷的吸入、排出，形成較穩定的流量。
主要用于水處理、環保、醫療、工業控制、科研實驗室等對體積、噪音、功耗有較高要求，如提升、轉移、增壓、噴霧、噴灑、水循環、輸送等用途。
與大型抽水泵（如部分葉輪式、離心式等）每次使用前必須加水引導不同，微型抽水機有一個重要的功能：“自吸”，是指在每次抽水前，在不另外加引水的情況下，抽水機就能自動將水吸上來。這一功能很方便，越來越來受到使用者的歡迎，尤其是高自吸吸程的微型水泵。
比如一款微型水泵BSP27250S，它的自吸高度就達到了5米，在微型抽水泵功率受限于體積的情況下，已經算很高的了。
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